Partizan je do svog sedmog trofeja u nacionalnom Kupu stigao u sezoni koja je počela turbulentno. Naime, posle loših rezultata u pripremnom preiodu, pred sam početak takmičenja u sezoni 1999/2000, umesto Vladislava Lučića, na klupu je seo dugogodišnji trener mlađih kategorija Partizana i povremeni pomoćnik u radu sa prvim timom, Nenad Trajković.
Trener zaslužan za napredak i razvoj mnogih koji su prošli kroz Partizanovu školu košarke, nije imao baš idealnu situaciju, pošto su crno-beli u prelaznom roku ostali bez važnih igrača – Dejana Tomaševića, Harisa Brkića, Dragana Lukovskog, Zorana Stevanovića i Aleksandra Gilića. Minimalnim ulaganjima Partizan je napravio tim u kome su najpoznatiji igrači bili starosedeoci Miroslav Radošević (novi kapiten), Aleksandar Čubrilo i Vladimir Đokić. U tim se vratio nekadašnji junior crno-belih, Nenad Čanak, uz njega je iz subotičkog Spartaka stigao Dragan Marković, a kao pomoć Ratku Vardi na centarskim pozicijama, iz Radničkog je doveden Boris Raičević. Tim je kompletiran dolaskom najboljeg defanzivca domaće lige, Veselina Petrovića.
Trofej nacionalnog Kupa osvojen je na finalnom turniru u Leskovcu, gde je Partizan sa dve ubedljive pobede - u polufinalu protiv FMP Železnika 88:70 (Čanak 20, Marković 15, Radošević 14, Petrović 11) i u finalu protiv domaćina Zdravlja 79:66 (Petrović 16, Radošević 11, Čubrilo 11), došao do zasluženog slavlja.
